El museo ocupa la casa que perteneció al Coronel Don Manuel Álvarez Prado, ilustre héroe gaucho de la quebrada de Humahuaca en las luchas por la Independencia Argentina. Fue inaugurado oficialmente como museo en el año 1974, manteniendo su arquitectura original de estilo colonial.

El edificio fue declarado Monumento Histórico Provincial en el año 1958.